Uncharted – это шутер от третьего лица, по большей части состоящий из перестрелок/поиска укрытий, слегка разбавленный элементами паркура и решениями несложных головоломок. Время от времени Нэйт обзаводится попутчиками, которые абсолютно бесполезны как напарники, зато бессмертны, и создают хороший антураж приключений. Иногда приходится пользоваться транспортными средствами, как в пассивном (стрелок на джипе), так и в активном (аквабайк) стиле. Врагов, подобравшихся слишком близко, можно вразумлять зрелищными приёмами рукопашного боя.
В решении загадок Дрейку помогает его дневник. Для осуществления некоторых действий используются особые методы управления. Например, наклоны геймпада во время движения Нэйтана по бревну, или круговые вращения стика при отвинчивании вентилей на люках.
Одновременно Нэйт может нести на себе три вида оружия: пистолет, винтовку и гранаты. Арсенал, представленный в игре, не сильно разнообразен, зато практичен.